微生物用于食品制造是人类利用微生物最早、最重要的一方面，这在我国已有了数千年的历史。人类在长期的实践中积累了丰富的经验，利用微生物已经制造了种类繁多、营养丰富、风味独特的许多食品。
哪些微生物在帮助我们制造食物？
应用于食品制造的微生物非常广泛，包括细菌和真菌。微生物在食品中的应用主要通过以下三种方式：一是微生物菌体的应用，如食用菌、酸奶、酸泡菜，单细胞蛋白质等；二是微生物代谢产物的应用，如酒类、食醋、氨基酸、有机酸、维生素等；三是微生物酶的应用，如豆腐乳、酱油等。我们列举几种常见的食品作一下介绍。
微生物菌体的应用
食品中微生物菌体的应用，我们最常见的莫过于食用菌了。食用菌俗称“蘑菇”，常见的有平菇、木耳、猴头菇、香菇、金针菇等。食用菌肉质肥厚，味道鲜美，富含碳水化合物、蛋白质、氨基酸、维生素、矿物质等营养成分，为人们所喜爱。
研究发现，食用菌同时还具有诸多医疗保健作用，如调节人体机体平衡，增强免疫力，抗疲劳；降低胆固醇、降低血压、血糖和血脂；抑制肿瘤、减轻癌症症状；抗病毒、抗菌消炎，对肝脏有一定保护作用；止咳祛痰、健胃消化、通便利尿及抗衰老等。
据估测，自然界的菌物有万种以上，其中大型真菌至少有种。中国是世界四大文明古国之一，也是认识和利用食用菌最早的国家，经历几千年对食用菌形态、生境、习性的仔细观察，人类开始了食用菌的驯化栽培，截止年，已有种食用菌可以试验性培养，种可以人工栽培或培养。
这里也给大家介绍一种食用菌新品种——羊肚菌。近年来，通过科研工作者的不断探索，终于揭开了羊肚菌的神秘面纱，实现了羊肚菌的人工种植。
羊肚菌俗称羊肚菜，是世界性美味食用菌和药用菌，被誉为“菌中王子”。由于其菌盖有不规则凹陷且多有褶皱，形似羊肚而得名，具有增强免疫功能、抗疲劳、抗衰老、抗肿瘤、抗诱变、降血脂等多种功效，深受人们喜爱且在国际市场十分走俏。
随着生活水平的不断提高，人们对健康饮食越发重视，对食用菌的需求也日益旺盛。
食品中微生物代谢产物的应用
食品中微生物代谢产物的应用，最典型的就是我们每家每户都要用到的食醋。食醋是细菌的发酵制品，食醋的生产历史非常悠久，起源于我国，距今已有多年历史。全国各地生产的食醋品种较多，著名的有山西陈醋、镇江香醋、四川保宁醋、东北白醋、广东糖醋、江浙玫瑰米醋、福建红曲醋等，产品风味各异，行销国内外市场，颇受欢迎。
食醋是以淀粉质、糖质、酒质等为原料，经过醋酸菌发酵而酿制成的富含醋酸、氨基酸、糖分、酯类等物质的一种营养丰富、价廉物美的酸味调味品，是酸、咸、甜、鲜四味的调和。
用于食醋生产的细菌有纹膜醋酸杆菌、许氏醋酸杆菌、恶臭醋酸杆菌混浊变种（AS1.41）、巴氏醋酸杆菌巴氏亚种（沪酿1.01）等。醋酸菌属G-好氧杆菌，适宜生长于30℃左右，最适pH值为弱酸性，故在充分供氧条件下，可以大量生长繁殖使原料中乙醇转化为醋酸和少量其它有机酸和有香味的酯类（乙酸乙酯）等物质（选择优良菌种非常重要）。
食醋酿造是一个非常复杂的过程，涉及许多工艺和工序，也有很多微生物参与其中。微生物参与的过程主要有：
淀粉的液化、糖化
微生物使淀粉液化、糖化的微生物很多，而适合酿醋的主要是黑曲霉、米曲霉、黄曲霉等。
酒精发酵
生产上一般采用囊菌亚门酵母属中的酵母，但不同的酵母菌株，其发酵能力也不同，产生的滋味和香气也不同。
醋酸发酵
醋酸菌是醋酸发酵的主要菌种。主要有纹膜醋酸杆菌、许氏醋酸杆菌、恶臭醋酸杆菌混浊变种（AS1.41）、巴氏醋酸杆菌巴氏亚种（沪酿1.01）等。
通过微生物的发酵作用，以及后期的配兑包装，最终形成我们吃的各种各样美味爽口的食醋。
食品中微生物酶的应用
食品中微生物酶的应用，我们来讲讲厨房必备的酱油。酱油是一种由蛋白质原料和淀粉质原料经多种微生物酿制而成的一种咸味调味品，是咸、甜、鲜、苦、酸五味的调和。
酱油不仅含有人体生理需要的各种营养物质，还含有多种调味成分，如食盐的咸味、氨基酸钠盐的鲜味，糖及其它的糖醇物质的甜味、有机酸类物质的酸味，酪氨酸等爽口的苦味，所以是咸、甜、鲜、苦、酸五味的调和，此外还含有特殊的香味及天然瑰丽的棕红色素，因而是一种色、香、味俱佳的调味品。
目前世界上普遍食用的酱油有三类：一种是欧洲型的蛋白质水解液，即用无机酸来水解蛋白质，然后用碱中和，再经过滤加入酱色和调味料而制成，这种方法生产酱油速度快，产量高，但产品质量差；第二种是亚洲型的鱼露，即用小鱼小虾酿制而成，尤以日本的鱼露较为出名，我国江浙一带也生产此类酱油；第三种就是中国型的以豆、麦为原料酿制而成的酱油，且均以我国的酱油质量最优，风味最佳。
酱油酿造是多种微生物发酵的结果，酱油酿造是一个长期且复杂的过程，酱油酿造过程中的微生物包括霉菌、酵母、细菌，其中最主要的是霉菌中的米曲霉。
酱油酿造中的微生物发酵主要包括以下几个方面：
蛋白质的水解作用
原料中的蛋白质经蛋白酶的作用逐步降解为胨、肽及氨基酸类。有些氨基酸是呈味的调味成分，如谷氨酸和天冬氨酸具有鲜味；甘氨酸、丙氨酸和色氨酸具有甜味；酪氨酸呈苦味。
淀粉的水解作用
制曲后的曲醅中，还含有尚未彻底水解的淀粉，在发酵过程中，继续被淀粉酶分解成葡萄糖、糊精及麦芽糖等。
淀粉水解后生成的单糖类，除了葡萄糖外，还含有果糖及五碳糖。果糖主要来源于豆饼中的蔗糖水解；五碳糖主要来源于麸皮的多缩戊糖。这些糖类对酱油的色、香、味、体的形成有着重要的作用。
酒精发酵作用
酒精具有清爽香气，可被氧化成有机酸类，也是酯类的基础物质，对酱油的香气的形成有重要作用。
有机酸发酵作用
适量的有机酸存在可增加酱油的风味，当酸总量在1.5g/ml左右时，酱油风味调和，大部分是乳酸、醋酸和丙酮酸。
酱油从专业角度来说有特级到三级，市场上看到大部分都是三级的酱油。判断酱油的优劣，首先，就是确保是酿造酱油，这个酱油是酿造还是配制的，对酱油的品质来说很重要；第二个就是配料有没有添加剂、防腐剂、助鲜剂，原料是不是转基因的等等。
酱油的鲜味取决于氨基酸态氮含量的高低，一般来说氨基酸态氮越高，酱油的等级就越高，也就是说品质越好。按照我国酿造酱油的标准，氨基酸态氮0.8克/ml为特级；0.7/ml为一级；0.55/ml为二级；0.4/ml为三级。但是，并不是说氨基酸态氮越高，酱油就越好。因为配兑酱油的氨基酸态氮也很高，很多鲜味剂也能使氨基酸指标变高。
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